学校是1995年9月由深圳市南山区人民政府创办的实验型学校。2012年9月学校发展成为一所集幼儿园、小学、初中、高中为一体的现代化集团学校。现有文华学校、科苑小学、高新中学、大冲学校、滨海学校、高级中学、滨海小学、科华学校、桃源中学、深汕学校和幼儿园(8所)等十一个办学单位共十八个校区。目前，南山区区内南外集团十六个校区主体位于科技园，沿着美丽的深圳湾延伸到蛇口自贸区，集团学校共占地总面积284484.26平方米。2018年10月11日南山区人民政府与深汕特别合作区签署框架协议，在深汕特别合作区共建南山外国语学校(集团)深汕学校，该校系从幼儿园至高中的十五年制基础教育集团学校，南外集团深汕学校三个校区也都正式成为南外集团成员校。