自治区联社成立于2005年9月28日，是经中国银行业监督管理委员会批准成立，具有法人资格的正厅级地方性金融机构，隶属自治区人民政府管理，受自治区人民政府的委托，对全区农村商业银行、农村合作银行、农村信用联社（统称农村合作金融机构，简称农合机构）履行管理、指导、协调和服务职能。