内蒙古科学技术出版社成立于1982年7月21日，前身是辽宁人民出版社蒙文编译室。随着行政区划的变更，辽宁人民出版社蒙文编译室于1979年7月改名为内蒙古人民出版社昭乌达编译室。当时，主要出版政治理论、文学艺术、科学技术等综合性图书。1982年，将内蒙古人民出版社昭乌达编译室改建为内蒙古科学技术出版社，出版方向确定为蒙古文自然科学类图书。2009年12月，内蒙古出版集团成立，内蒙古科学技术出版社隶属于内蒙古出版集团。