公司是1998年经省政府批准由原省农垦农工商联合总公司（前身为省农垦厅）改制成立的国有独资公司，2004年纳入省国资委管理序列，与安徽省农垦事业管理局系一个机构、两块牌子、一套班子，系经济建设与社会事业同步发展的综合性系统。农垦集团通过资产和资源整合，现有国有全资和控股企业30户，其中农茶果场20个，主要分布在皖南4个、沿江2个、沿淮及淮北14个；全资和控股专业公司8户。在产业结构上，沿淮农场以生产经营小麦和大豆为主，沿江农场以生产经营水稻、大豆为主，皖南茶场以生产经营茶叶和苗木为主，淮北砀山果园场以生产经营水果为主，农业产业化经营主要有种业、茶业、酒业、粮食加工业等。