医院建院于1976年，其前身上海市公费医疗第五门诊部是建国后上海市第一所由国家创办的中医机构，被誉为“上海名中医的摇篮”。医院总部地处虹口区，是上海市北部中心城区唯一一家三级甲等中医医疗机构。医院拥有中西医结合研究所、推拿研究所、皮肤病研究所、针灸经络研究所校级研究所4个，临床免疫研究所、针麻研究室院级研究所2个，是全国唯一一家非药物疗法中医临床研究基地建设单位。2019年、2020年国自然项目数位列全国中医医院第一。